Vorrei cancellare una storia che ho pubblicata sul Sito perché la sto riscrivendo, e vorrei ripubblicarla una volta pronta in seguito. E' possibile?

Certamente. L'unica cosa che raccomando di fare in questo caso è di segnalare la cancellazione ai vostri lettori, in modo che questi non si chiedano che fine abbia fatto senza motivo.
Potete segnalare la momentanea assenza della storia in due modi (uno dei due o entrambi):
a. Con un messaggio nel vostro profilo.
b. Con un post nel topic della vostra storia nel forum Presentazione Fanfiction (nel caso in cui non l'aveste creato al momento della pubblicazione, potete farlo adesso).